Après des retrouvailles mouvementées avec son père et une révélation surprenante sur la mort de sa mère, Edward Elric rentre à Central City.
Il retrouve son frère Alphonse, dont l’armure a été endommagée, et Winry, inquiète pour ses deux amis d’enfance.
Parallèlement, Scar revient à Central City et reprend ses actes meurtriers contre les alchimistes d’État.
Les frères Elric, aidés de Lin, un prince en quête de reconnaissance venu d’un pays lointain, élaborent un plan pour découvrir la véritable identité des Homonculus.
Leur objectif est de percer le mystère entourant les plus hautes instances de l’État.
Les risques sont plus grands que jamais, et la tension atteint son paroxysme.